非淋菌性尿道炎症状虽不十分明显，但如不及时治愈，日久将有出现并发症危险，故应及时到有条件的医院诊治。不要向医生隐瞒病史，也不要自己滥用抗生素，以免掩盖病情，延误治疗。只要配合医生治疗，严格遵守医嘱，非淋菌性尿道炎是可以治愈的。
由于衣原体具有独特的生物学特征，对其感染的治疗用药也有特殊的要求，衣原体的生命周期较长，所用药的疗程应延长。
临床治疗非淋菌性尿道炎要求早期诊断、早期治疗、足量、足疗程，并有针对性的联合用药治疗，中西医结合或以中医治本，以防止产生并发症和留下后遗症。
老教授总结几十年临床经验，用上万种动、矿、植物提取研制成攻毒、杀毒、排毒系列中药，针对非淋菌尿道炎内的不适、发痒、烧灼感和排尿疼，尿频、尿道口轻度红肿、分泌物稀薄，有浆液或脓液，及前列腺炎、睾丸炎、宫颈炎、输卵管炎等症状均可彻底治愈。
一些患者早期治疗不规则、不彻底或者在治病期间仍继续有性行为，造成反复发作或症状不消失。而有些患者症状消失，表面上看起来已痊愈。但实际上并没有除根。
非淋菌性尿道炎的治愈标准是：自觉症状消失，尿沉淀物涂片检查无白细胞出现，碘染色涂片为阴性等。患者不能以自己的感觉而随意中断治疗。
